Berdirinya MTs. Al Hidayah wajak diawali berdirinya PGA 4 tahun. Latar belakang berdirinya PGA 4 tahun adalah merupakan keprihatinan para tokoh pendidikan di lingkungan madrasah Wajak dan sekitarnya. Pada waktu itu sekitar tahun 1975 kebanyakan guru-guru yang mengajar di MI hanya lulusan SMP dan pondok pesantren. Maka dari itu para tokoh pendidikan antara lain Drs. AS. Hikam, Kyai Mu’arif Wates Monomulyo, Bapak Imron Akwan dari Kasin Malang, Bapak H. Munir, Bapak Djamaluddin, Bapak Murrawi dan Bapak M. Dimyathi bersepakat mendirikan PGA 4 tahun, dan menempati gedung MI sebelah selatan dan ikut rayon Malang I (MAN 3 Jalan Bandung Sekarang).

Dengan perkembangan pendidikan di Indonesia maka PGA Swasta di Indonesia dihapus pada tahun 1976 termasuk PGA 4 tahun di Wajak juga dihapus dan berganti nama menjadi MTs. Al Hidayah Wajak. Adapun siswa-siswa PGA yang naik kelas 2 bersamaan dengan siswa-siswi kelas I MTs dan akhirnya ujian akhir PGA kelas 4 bersamaan dengan ujian akhir MTs kelas III pada tahun 1979.

Pada periode awal mulai tahun 1975 sampai dengan tahun 1985 kepala MTs dijabat oleh Bapak AS. Hikam. Pada periode ini untuk merekrut siswa-siswi baru bapak AS. Hikam kerja sama dengan para Kepala Sekolah SD disekitar wajak antara lain Bapak Drajat Suyoso, bapak Mustakim, Bapak Syafi’I, Bapak Suwandi, diajak mengajar di MTs. Al Hidayah Wajak. Namun dengan adanya pergolakan politik di Indonesia dengan berat hati para Bapak Kepala Sekolah yang sudah mengajar beberapa tahun tersebut harus mengundurkan diri.

Dengan berjalannya waktu lambat tahun MTs Al Hidayah Wajak berkembang dengan baik, dan dengan usaha keras Bapak. AS Hikam dan Bapak H. Asmad akhirnya pada tahun 1985 mendapatkan tanah wakaf dari Ibu Hajjah Halimah untuk didirikan MTs. Al Hidayah, (sekarang berada disebelah barat ditempati MI Al Hidayah).
Sehabis periode Bapak. AS. Hikam dijabat oleh Bapak Muslan tahun 1985 – 1987 dan berikutnya dijabat oleh Bapak. M. Dimyathi tahun 1987 – 1989, setelah periode Bapak M. Dhimyathi berakhir dijabat oleh Bapak. Drs. H. Masykur sampai tahun 2012. Selanjutnya menurut SK Pengurus Yayasan Al Hidayah ditunjuk Ibu Hernganti Ika Anggraina, S.Pd untuk periode 2012 – 2016.